在穴盘育苗生产中，穴盘苗光合作用使用CO₂，因此进行CO₂施肥是非常必要的。在秋、冬、春季，为保证温室内的热量，通常会关闭通风口，在封闭式温室内，CO₂在白天很容易就被植物利用。
正常条件下，空气中一般CO₂的含量在300mg/kg左右，采用CO₂施肥，种苗生长快。育苗期施用CO₂的浓度范围为700～1500mg/kg，不同作物的最佳浓度取决于光照强度、温度、营养水平、作物种类和作物的成熟度等。
CO₂施肥的季节随温室所在的地理位置不同，一般从10月底至11月初开始，到次年4月至5月初结束。增加CO₂只有在光合作用有效的白天时段内才有效，因此CO₂施肥一个在日出到日落前1个小时的时段内进行。温室内CO₂浓度变化规律一般是每天日出前，温室内CO₂浓度逐渐积累，在日出前后浓度达到最大值；日出后作物进行光合作用而逐渐消耗温室内的CO₂，上午10时至下午2时CO₂浓度降至最低点，下午4时左右，随光合作用的减弱逐渐升高，晚上CO₂浓度又逐渐积累。即使在白天部分通风时，育苗生产也可以继续增施CO₂。
用于温室的CO₂主要是液体CO₂，或者通过燃烧矿物燃料，如天然气、煤油、丙烷。使用煤作为燃料时一定要选择含硫少的煤种，避免燃烧时产生的其他有害物对蔬菜的影响。液体CO₂比较干净，但燃烧产生的CO₂价格很高。另外，利用浓硫酸(使用时需要稀释) 和碳酸碳酸氢铵混合后化学反应释放的大量CO₂作为补充。或者利用微生物法，增施有机肥和稻麦（或玉米）秸秆，在微生物的作用下缓慢释放CO₂作为补充。